Il XVI secolo fu caratterizzato dalle guerre tra la Francia di Francesco I e la Spagna di Carlo V per la supremazia in Europa. Dopo la morte del marchese Gian Giorgio, ultimo discendente della dinastia dei Paleologi, avvenuta senza eredi legittimi nel 1533, il marchesato di Monferrato rimase sotto la giurisdizione dell’imperatore Carlo V che nel 1536 lo concesse in feudo al duca di Mantova Federico II Gonzaga, cosicché il marchesato di Monferrato perse la sua autonomia politica, economica e culturale. La situazione peggiorò ulteriormente quando, nel contesto delle guerre tra la Francia e la Spagna, le truppe di Francesco I invasero nel 1536 buona parte del Piemonte sabaudo e del Monferrato. Le terre occupate dai francesi furono annesse al regno di Francia e anche San Sebastiano subì la stessa sorte.
Vittorio Amedeo II verso la fine del Seicento, impose la perequazione fiscale con l’obbligo di presentare la documentazione originale di tutte le proprietà.
La comunità doveva essere autosufficiente sotto ogni aspetto; amministrativo, economico, sanitario, ecc. e la popolazione era costretta a sopravvivere con quanto prodotto dalla coltivazione dei loro campi e dal ricavato della vendita del vino e di poche altre derrate. Le entrate, quasi inesistenti, erano originate dalla vendita di legname e dall’affitto dei terreni comunali.
La popolazione sansebastianese era dedita esclusivamente all’agricoltura, non esisteva altra attività né artigianale né commerciale fatto salvo qualche piccolo commercio di vino. Nel XVI secolo la terra di San Sebastiano era ancora circondata dalle mura ormai cadenti e da un piccolo vallo. L’ingresso al borgo avveniva attraverso due porte, una rivolta a mezzogiorno e l’altra detta la porta nova rivolta a Nord. Esisteva un recetto, in cui ricoverare le granaglie in caso di emergenza. Il forno comunale non più utilizzato in quanto molte famiglie si erano trasferite nelle borgate, era caduto in rovina. Nella parte più elevata del borgo esisteva una torre, un vecchio castello, demolito poi nel ‘700 per costruire l’attuale palazzo, e una chiesetta, intitolata a San Sebastiano.
Vi furono ancora guerre all’inizio del Seicento, le due guerre monferrine, la peste del 1628 e del 1631, della quale non si hanno riscontri. La guerra di successione spagnola arrecò molti danni alla comunità durante gli assedi di Verrua e di Chivasso nel 1705.